המחלקה אמונה על שמירת שוק הון הוגן ועל תקינות המסחר. לצורך כך פועלת המחלקה לאתר ולחשוף פעילות עבריינית בשוק ההון ונוקטת פעולות אכיפה. בכלל זה, בודקת ומבצעת באופן שוטף ניתוח של פעילות חריגה במסחר .
המחלקה מנהלת בדיקות שוטפות והליכי חקירה לבדיקת חשדות לעבירות פליליות בשוק ההון וכן הליכי בירור מנהלי לבדיקת חשדות להפרות מנהליות בשוק ההון. החקירות הפליליות עוסקות בעבירות על דיני ניירות ערך, בעבירות על חוק העונשין ובעבירות על חוק איסור הלבנת הון במסגרת המאבק למיגור הפשיעה הכלכלית.
יחידת החקירות מקיימת במסגרת תפקידה, חקירות מורכבות ומסועפות בארץ ובחו"ל העוסקות בין היתר בחקירת עבירות תרמית בניירות ערך, שימוש במידע פנים, דיווחים שמטרתם להטעות את ציבור המשקיעים, עסקאות בעלי שליטה ועוד. במסגרת זו, המחלקה מקיימת שיתופי פעולה עם גופי אכיפה בישראל כמו גם עם רשויות אכיפה במדינות אחרות ובכלל זאת, חיקורי דין של רשויות זרות בהתאם לאמנות שעליהן חתומה הרשות.